La desinfección del agua puede ser física o química. Entre los métodos físicos se incluye la ebullición, la filtración y la irradiación ultravioleta. Entre los métodos químicos se incluye la adición de compuestos que liberan cloro, como la solución de hipoclorito sódico, el polvo de cloramina T o el dicloroisocianurato sódico (NaDCC) en polvo o pastillas. En los lugares donde el agua no se desinfecta desde su origen, se puede hacer con ebullición o con medios químicos para la bebida, la limpieza de los dientes y la preparación de comida. El cloro es una sustancia peligrosa. Es muy corrosivo en solución concentrada y las salpicaduras pueden producir quemaduras y lesiones oculares. Se requieren precauciones adecuadas cuando se manejan soluciones o polvos de cloro concentrado (protección ocular, gorro, cubrebocas, batas impermeables y guantes de uso industrial).
Como desinfectante es de bajo nivel y se usa también como antiséptico; es un compuesto fenólico clorado eficaz sobre un amplio espectro de bacterias grampositivas. Su acción es menos eficaz sobre estafilococos y bacterias gramnegativas; suele ser ineficaz sobre Pseudomonas spp e inactivo sobre esporas.
Es un desinfectante bactericida aldehído de alto y medio nivel, así como esterilizante químico dependiendo del proceso de activación y concentración. Es muy activo sobre bacterias grampositivas y gramnegativas. Es activo sobre el bacilo de la tuberculosis, hongos como Candida albicans y virus como el VIH y de la hepatitis B. Se puede utilizar una solución de glutaraldehído acuosa alcalina (tamponada a pH 8) al 2 % por volumen (p/v) para esterilizar instrumentos y otros equipos previamente limpios y libres de material orgánico sensibles al calor; por ejemplo, lentes, endoscopios y todo tipo de material óptico.