En la fase de formulación, un equipo de expertos elabora un estudio técnico, que es sustento del programa de ordenamiento ecológico. Dicho estudio consta de cuatro etapas (caracterización, diagnóstico, pronóstico y propuesta) que se describen a continuación. Antes de iniciar la caracterización se recomienda elaborar una agenda ambiental; esta es una primera visión de los sectores acerca de los principales problemas que se generan por el uso del territorio y que deberán atenderse en el ordenamiento ecológico.

Para la elaboración de la agenda ambiental, el equipo de expertos, en coordinación con el comité, debe implementar mecanismos participativos (talleres, encuestas o entrevistas) para que cada sector identifique los problemas y conflictos ambientales que percibe en el área de ordenamiento. Posteriormente se integra y analiza toda la información generada por los sectores para obtener un priorización general. En esta tarea deben incluirse únicamente los problemas y conflictos que son materia de ordenamiento ecológico; es decir, los relacionados con el uso del territorio, para que la agenda no contemple asuntos que este instrumento no resuelve.