El ordenamiento ecológico sirve para planear el uso del territorio, lo que contribuye a la prevención del deterioro ambiental y a evitar el establecimiento de asentamientos humanos e infraestructura en zonas de riesgo. Asimismo, el ordenamiento ecológico sirve para atender conflictos ambientales; estos surgen cuando dos o más sectores tienen interés en desarrollar su actividad en el mismo espacio o utilizar el mismo recurso natural. También se presentan conflictos ambientales cuando un sector afecta indirectamente un recurso que requiere otro sector, dificultando o impidiendo el desarrollo de su actividad.

Algunos ejemplos de estos conflictos son: el desplazamiento de campamentos pesqueros por el desarrollo turístico en zonas costeras o el crecimiento de las zonas agrícolas hacia zonas que proveen servicios ambientales, como la recarga de acuíferos.